С 2003 по 2016 гг., Геннадий Шапошников был художественным руководителем Иркутского академического драматического театра им. Н.П. Охлопкова. За тринадцать лет работы в этом творческом коллективе он поставил более сорока спектаклей, в том числе мирового классического репертуара: «Король Лир», «Гамлет», «Ромео и Джульетта» В.Шекспира, «Мнимый больной» Мольера, «Страсти по Аделе» («Дом Бернарды Альбы») Ф.Г. Лорки, «Дядя Ваня» и «Вишневый сад» А.П. Чехова, «Наш господин Чичиков» («Мертвые души») Н.В. Гоголя, «Не так? Живём, как хочется!» («Не было ни гроша, да вдруг алтын») и «Горячее сердце» А.Н.Островского, «Игрок» Ф.М. Достоевского, «Орфей и Эвридика» Ж. Ануя и пр. В его творческом багаже есть постановки произведений классиков современной российской драматургии: «Прошлым летом в Чулимске» и «Старший сын» А.В. Вампилова, «Последний срок» В.Г. Распутина, «Лунин» Э.С. Радзинского, «Вечно живые» В.С. Розова, спектакли для детей и юношества «Завтра была война» Б.Л. Васильева, «Евгений Онегин» А.С. Пушкина, «Сумерки богов» («Маленькие трагедии» А.С.Пушкина), «Снежная королева» Е.Л. Шварца и т.д. Рок-опера «Я — Жанна Орлеанская», пользовалась особенной популярностью среди молодежи.

Народный артист РФ, актер театра им. Моссовета Г.Г.Тараторкин, работавший с Г.В.Шапошниковым над образом Колчака (постановка спектакля «Колчак» была осуществлена в 2005 году), в одном из интервью отметил: «То, что Шапошников талантлив, видно невооруженным глазом и с первых минут. Смотреть его спектакли интересно. Он очень профессиональный режиссер. Ритм у него выверен по секундам. Мизансцены уточнены до сантиметра. Он, как никто, знает, в какой момент ровное течение сценической жизни должно взорваться мощной театральной метафорой».

Спектакль «Дядя Ваня» принимал участие в VI Международном театральном фестивале в Мелихово и стал лауреатом, а вскоре после этого его показали в Японии. Постановка «Мнимый больной» Мольера участвовала в Международном фестивале «Варненское лето» в Болгарии. Замечательный, трогательный, необыкновенно искренний студенческий спектакль «Завтра была война» по Васильеву получил диплом фестиваля «Поколение Next о войне» в Москве. «Прошлым летом в Чулимске» по Вампилову участвовал в интернет - фестивале «Театральная паутина». Спектакль «Последний срок» в постановке Г.В.Шапошникова – еще одно достижение Иркутского академического драматического театра им. Н.П.Охлопкова – отмечен на VII Международном театральном фестивале в 2009 году Главным призом «Золотой витязь», а в 2014 году на IX Международном фестивале театра и кино «В кругу семьи» получил Гран-при.

Геннадий Шапошников не оставляет и педагогическую деятельность. За время работы в Иркутске он подготовил экспериментальный актерский курс в Иркутском театральном училище, в 2014 году выпустил в качестве художественного руководителя актерский курс Театрального института им. Бориса Щукина, набранный специально для Иркутского академического драматического театра им. Н.П.Охлопкова.

В Иркутском академическом драматическом театре им. Н.П.Охлопкова Г.В.Шапошников поставил спектакли: